Handelsplatsen var verksam i Japan och drevs i samarbete med japanska banker. Karpelès, själv född i en judisk familj i Frankrike, köpte MtGox.com år 2011 och utvandrade samtidigt själv till Japan.
I början av 2014 försvann plötsligt 850.000 bitcoin som då var värda runt 10 miljarder kronor. Enligt MtGox hade hackare gjort intrång hos webbplatsen och stulit de digitala pengarna, polisen i Japan misstänker att det var Karpelès själv som lade beslag på sina kunders tillgångar.
I början av 2014 ansökte MtGox om konkursskydd. Vid tidpunkten samlades ett stort antal investerare utanför bolagets huvudkontor, för att försöka få tillbaka sina pengar. Mark Karpelès hävdade då att han var oskyldig.