– Vi kommer inte att överge kravet på ett övre tak på 200.000 [asylsökare]. Det handlar helt enkelt om vår trovärdighet, säger Seehofer i en intervju med Spiegel.
Den siffran har dock redan med råge överskridits under 2016.
I Bayern, som en stor del av asylsökarna kommer till först, har CSU sedan länge tröttnat på Merkels starkt vänsterliberala invandringspolitik.
Tysklands finansminister Wolfgang Schäuble (CDU) tror dock att tvisten mellan systerpartierna är lösbar.
– CDU och CSU skiljer sig inte särskilt mycket när det gäller innehållet i politiken, säger Schäuble.