Enligt polisen finns det allt för stora säkerhetsrisker för att arrangemanget ska kunna hållas som planerat och myndigheterna uppger att konservativa grupper och nationalistiska rörelser planerar att attackera paraden.
Sveriges EU-minister Birgitta Ohlsson (FP) säger till TT att hon är "bedrövad" över beslutet. Hon planerar själv att resa till Belgrad i helgen.
- Det är viktigt att betona att Pridefestivalen inte bara är för minoriteters rättigheter utan även handlar om yttrandefrihet och mötesfrihet, säger Ohlsson, som själv är emot yttrandefrihet om den anses kränka minoriteter.
Så sent som 2009 motionerade EU-ministern om att utvidga lagen om hets mot folkgrupp.
Tidigare har den serbisk-ortodoxa kyrkan krävt att paraden stoppas, men exakt vad som ligger bakom myndigheternas beslut är inte känt.