Rapporteringen görs vart sjätte år enligt artikel 17 i art- och habitatdirektivet, som EU:s medlemsländer har antagit för att motverka förlust av biologisk mångfald.
– Däggdjur, trollsländor och många kärlväxter klarar sig förhållandevis bra, medan många fjärilsarter och skalbaggar får det svårare att överleva på sikt, säger Mark Marissink, biträdande chef på Naturvårdsverkets miljöanalysavdelning, i ett pressmeddelande.
Fjärilar är de enda pollinatörer som bedöms och resultatet visar att även ekosystemtjänster som pollinering är hotade.
Tillståndet för både arter och naturtyper är bättre i den alpina regionen än i övriga landet, vilket till stor del beror på att stora fjällarealer ligger inom skyddade områden.
Gräsmarker, dyner och naturtyper i havet har sämst bevarandestatus i Sverige. Även skogsnaturtyper och skalbaggar, som är beroende av gammal skog och död ved, har dålig status.
– De marina livsmiljöerna är fortsättningsvis hårt pressade och har överlag dålig status. Men vi ser också några glädjande förändringar till det bättre. Tillståndet för tumlaren i Västerhavet bedöms nu som gynnsamt, detsamma gäller gråsälen i Östersjön, säger Jakob Granit, generaldirektör på Havs- och vattenmyndigheten.
I stort sett är tillståndet för arter och naturtyper fortsatt dåligt "beroende på ett intensivt fiske och ensartat jord- och skogsbruk samt upphörd hävd av biologiskt värdefulla gräsmarker", skriver Naturvårdsverket.
"Där tillståndet har förbättrats beror det på åtgärder. Till exempel har 23 Natura 2000-områden tillkommit under perioden och tillsammans med tidigare områden har hittills cirka 4000 områden i Sverige skyddats inom Natura 2000-nätverket. Åtgärdsarbetet måste fortsätta för att vända trender i naturen", fortsätter myndigheten.