Programmet, som sändes under torsdagskvällen, beskriver bland annat hur moskéer i Sverige de senaste åren har utsatts för brandattentat och andra typer av attacker.
En stor del av reportaget utspelas i Södertälje, en stad som domineras av assyrier och syrianer – kristna folkgrupper med ursprung från Mellanöstern. Bland annat beskrivs hur rutor har krossats hos såväl somaliska föreningen som palestinska föreningen i staden och hur muslimer trakasseras på gatan och får stenar och ägg kastade mot sina bostäder.
I Uppdrag granskning ges bilden av att det framför allt är "kristna assyrier" som ligger bakom angreppen mot muslimer, som huvudsakligen äger rum i stadsdelen Hovsjö i Södertälje.
– Jag har något emot muslimer på grund av det som händer i vårt land. Det har pågått jättelänge men ingen kan sätta stopp. De har ju dödat hälften av vårt folk. Jag hatar, eller man ska inte säga hatar, men jag har något emot dem, säger en ung kvinna i reportaget.
Samtidigt är det från politiskt håll tyst om de antimuslimska attackerna i Södertälje eftersom det uppfattas som en "känslig fråga", enligt Uppdrag granskning.
– Låt oss säga så här: Ehm … att vi pekar ut en folkgrupp och säger: ja, det är deras fel. Hur framkomligt är det efter det att liksom sätta sig ner och föra dialog med den folkgruppen? Det är inte framkomligt. Därav känsligheten, säger Paki Holvander , som är "demokrati- och mångfaldsstrateg" i Södertälje kommun, i programmet.
Efter att programmet sänts deltog reportrarna i en chatt med tittarna. Där riktas hård kritik mot att Uppdrag granskning pekar ut syrianer och assyrier som islamofober.
"Tänker anmäla SVT för hets mot folkgrupp samt förtal, det var sista gången jag betala min tv avgift", skriver signaturen "Syrian".
"Snacka om att ni spunnit igång en våg av hat mot syrianer nu... Tack för den, SVT", skriver en annan chattdeltagare.
Signaturen "Assyr" pekar istället på att det snarare är muslimerna som utsätter kristna för övergrepp i deras hemländer:
"Tycker att ni verkligen lyft fram att assyrier/syrianer som de verkliga förövarna, när muslimer är de som trakasserar oss dödar oss i våra hemländer. Vi lever ett fredligt och kärleksfullt liv utan att göra nått emot dom, trots vad de gör och har gjort mot vårt folk. Tycker att de är fult att peka ut så."