"Om någon reser sig upp för att döda dig, döda honom först", skriver Israels premiärminister Benjamin Netanyahu på Twitter efter anfallet.
Han hävdar att målet var den iranska Quds-styrkan och shiamiliser.
"Jag upprepar: Iran har ingen immunitet någonstans. Våra styrkor verkar i varje sektor mot den iranska aggressionen", skriver Netanyahu.
Den israeliska försvarsmakten skriver att insatsen har förebyggt "en storskalig attack mot Israel från ett flertal mördardrönare".
Enligt syriska militärkällor kunde majoriteten av de robotar som Israel avfyrade i attacken skjutas ned, rapporterar RT.