Demonstranter på läktaren på Maracanãstadion där invigningen hölls buade, höll upp plakat och skanderade "ut med Temer" när han förklarade OS invigt.
Även på gatorna sågs demonstranter uttrycka sitt missnöje med presidenten. Framförallt är det vänstergrupper och kommunister som demonstrerar mot Temer som de anklagar för att vara "fascist", "kuppmakare" och köpt av USA.
Den tidigare vice presidenten tog över presidentskapet i maj i år från sin partikollega Dilma Rousseff sedan hon anklagats för korruption. Dessförinnan hade en maktkamp utspelat sig mellan honom och Rousseff som båda tillhör arbetarpartiet i Brasilien.
"Statskupp", anser det växande antal brasilianare som motsätter sig Temer. Den 75-årige presidenten har de senaste månaderna varit föremål för hån och förlöjligande i sociala medier och WikiLeaks avslöjade dagen efter att han tillträdde presidentposten att han länge varit en USA-informatör.
Färre än 25 statschefer uppges ha deltagit under gårdagens invigning i Rio vilket kan jämföras med de 95 som fanns på plats i London för fyra år sedan. Anledningen är att få vill riskera att synas tillsammans med den omåttligt impopuläre Temer som betraktas som ett osäkert kort att frottera sig med, trots att det är OS.
Men inte bara det politiskt instabila läget i Brasilien ger smolk i bägaren. Landet genomlider just nu en tuff ekonomisk lågkonjunktur samtidigt som ett utbrott av myggburen zikafeber sprider skräck och oro i landet.
