Flickan, som uppger sig vara 17 år, har berättat att hon frihetsberövades av familjen i september förra året och därefter hölls fången i både Jönköping och Göteborg.
I mars i år lyckades hon slutligen fly och kunde anmäla familjen. Hela familjen, som har ett romskt klingande efternamn, misstänks nu för brott.
– Det är ett ärende som påminner om människohandel, säger åklagare Anna Mårtensson till P4 Jönköping.
Familjen kom enligt Skatteverket till Sverige år 2005 från den numera upplösta staten Serbien och Montenegro. Varken familjemedlemmarna eller offret är svenska medborgare.
Sonen och pappan, som är 19 respektive 41 år gamla, häktades på fredagseftermiddagen för våldtäkt och misshandel.
Vid 14-tiden meddelade tingsrätten att sonen skulle häktas, och förhandlingarna fortsatte sedan mot fadern. Båda nekar till brott.
Mamman och dottern är samtidigt misstänkta för olaga frihetsberövande. Dottern har tidigare varit frihetsberövad men släpptes senare fri.
Flickan mår efter omständigheterna bra och söker nu asyl i Sverige, enligt Anna Mårtensson.
Artikeln har uppdaterats. Sonen och pappan har häktats.