Chefsåklagare Tomas Lindstrand uppger till Aftonbladet att det rör sig om "betydande belopp" som misstänks ha förskingrats.
– Det som är mest intressant i sammanhanget är chefens stora ansvarsområde och det stora förtroendet chefen har. Själva positionen gör att vi ser extra allvarligt på gärningen, säger Tomas Lindstrand till Aftonbladet.
Anledningen till sekretessen är att frågan är känslig i relation till rikets säkerhet, men också att myndighetschefen riskerar att utsättas för "våld eller annat allvarligt", enligt åklagaren.
Försvarsdepartementet vill inte kommentera målet.
