Förutom buandet ropade flera i publiken "free Palestine", enligt TV4 Nyheterna.
– Det var tydligt att Israels bidrag delade publiken i två läger. Många jublade och hejade, andra buade så fort låten gick ner i ett tystare parti, säger TV4 Nyheternas reporter Filip Stiller Borowicz på plats i arenan.
Några i publiken ska också ha viftat med en palestinsk flagga, trots att sådana flaggor är uttryckligt förbjudna av arrangören EBU.
Israel tävlar i den andra semifinalen, som äger rum på torsdagen. Flera demonstrationer mot Israel väntas hållas i Malmö under dagen.