Domstolsbeslutet, som gick igenom med fyra röster för och tre emot, innebär att det från och med nu blir olagligt för ickemuslimer att använda "Allah", åtminstone i skrift.
De kristna är en minoritet i Malaysia, och utgör knappt tio procent av befolkningen, använder sig av olika ord för att beteckna Gud beroende på vilket språk de talar. Men vissa av dem, som de malajisk-talande kristna på Borneo, har inget annat ord för Gud än just "Allah", enligt AP.
I en intensiv debatt som föregick beslutet har företrädare för den muslimska majoriteten uppgett sig vara kränkta över att ickemuslimer använder sig av ordet.
Kristna malajer varnar nu för att det nya förbudet ytterligare inskränker rättigheterna för landets religiösa minoriteter.
– Detta begränsar religionsfriheten. Vi är en minoritet i det här landet och när våra rättigheter inskränks så kan folk känna det, säger pastorn Lawrence Andrew vid The Herald, den tidning som målet gällde, till AP.