Mordet är det fjärde i sitt slag i Bangladesh sedan i februari– flera andra bloggare har tidigare mördas av muslimer på samma brutala vis.
Niloy Chakrabarti, som använde sig av pseudonymen Niloy Neel och beskrevs som en ateist och "fritänkare", dödades efter att ett gäng brutit sig in i hans lägenhet.
– De gick in i hans rum på femte våningen och knuffade hans vän åt sidan och hackade sedan ihjäl honom, säger en företrädare för det aktivistnätverk bloggaren tillhörde till AFP.
Chakrabarti uppges ha funnits med på en militant muslimsk grupperings dödslista.
– Det var sex personer som knackade på hans dörr och sade att de var ute efter att hyra en lägenhet. Två av dem tog honom sedan till ett rum där de sedan slaktade honom. Hans fru var i lägenheten men hon var instängd i ett annat rum, säger en polistalesman till AFP.
Mer än 90 procent av befolkningen i Bangladesh är muslimer.
