Det var efter att GT uppmärksammat saken som den skattefinansierade föreningen tog ned fanan på onsdagseftermiddagen. Församlingens lokaler ligger i närheten av Bellevuemoskén, som tidigare kritiserats för att bjuda in personer med kopplingar till den somaliska terrororganisationen al-Shabab.
Terrorexperten Magnus Ranstorp säger till GT att den svarta flaggan, som pryds av den islamska trosbekännelsen, symboliserar strid och används av al-Qaida.
Men Åke Sander, professor i religionsvetenskap, ser inget problem med att församlingen flaggar med terrorstämplade symboler. Han menar istället att det är samma sak som med den svenska flaggan.
- Den används också olika, du är inte nazist bara för att du viftar med svenska flaggan, det kan lika gärna göras på en landskamp i fotboll, säger Åke Sander till GT.