Förslaget mötte viss kritik, bland annat från kristdemokraten Lennart Sacrédeus som frågade om det var ett "underdånigt perspektiv" som kyrkan tog gentemot RFSL.
Motionen klubbades dock slutligen igenom med 153 röster för och 76 emot.
De två vänsterliberala biskoparna Åke Bonnier och Eva Brunne talade sig under mötet varma för certifieringen.
Den här motionen handlar inte om vem som har sex med vem eller hur. Det handlar om att uppföra sig anständigt, sa Eva Brunne enligt Världen idag.
Fria Tider uppmärksammade för ett par veckor sedan att Domkyrkan i Visby som första kyrka i Sverige redan har hbt-certifierats. Nu bjuder kyrkan in sina konfirmander till regnbågsmässa och homosexteater och har dessutom passat på att smycka kyrktornet med "gayflaggor" och ikoner som föreställer Regnbågs-Jesus.