Enligt tre av Obamas tidigare medarbetare framfördes varningen när de två träffades i Ovala rummet i Vita huset efter valet i november förra året. Varningen ska ha varit av en mer allmän karaktär och Obama ska ha sagt till Trump att det fanns bättre kandidater till posten som nationell säkerhetsrådgivare.
Sean Spicer bekräftade vid en presskonferens att Obama opponerat sig mot Flynn.
– Det är sant att president Obama gjorde klart att han inte direkt var ett fan av general Flynn, sade han och tillade:
– Men det borde inte komma som någon överraskning eftersom general Flynn arbetat för president Obama och var en uttalad kritiker mot president Obamas tillkortakommanden, i synnerhet när det gällde hans bristande strategi för att konfrontera Islamiska staten.
Underrättelsetopp: USA lät IS växa fram
Spicer frågade sig därefter retoriskt varför inte Obama dragit in Flynns tillgång till sekretessklassat material om han verkligen varit oroad över att Flynn skulle kunna utgöra någon slags säkerhetsrisk.
Flynn utreds just nu för sina kopplingar till ryska diplomater som ett led i en större utredning där Ryssland anklagas för att ha påverkat det amerikanska presidentvalet förra året.
Under måndagen har Sally Yates, som under tio dagar i januari var USA:s justitieminister, kallats för att vittna inför kongressen med anledning av Flynnaffären. Hon framförde redan i januari sina farhågor till den tillträdande presidentens juridiske rådgivare Don McGahn gällande Flynns ryska kontakter.
Yates entledigades från sin post 31 januari sedan hon öppet motsatt sig Trumps inreseförbud för medborgare från ett antal muslimska länder.
Trumps nationelle säkerhetsrådgivare avgår
General Flynn was given the highest security clearance by the Obama Administration - but the Fake News seldom likes talking about that.
— Donald J. Trump (@realDonaldTrump) May 8, 2017