Barnen och deras morfar Patricio Galvez möttes upp på flygplatsen av polisen.
– De ska föra oss till socialtjänsten och ett ställe där vi kan få vara i lugn och ro, säger Galvez till SVT.
Barnen skrek "jippie" när de landade i Sverige, uppger han.
IS-terroristen Michael Skråmo dödades tidigare i år i samband med slutstriderna mot terrorgruppen i Syrien. Barnens mor, som är dotter till Patricio Galvez, dödades förra året.