Beskedet kommer efter den omfattande miljöskandal som avslöjats kring biltillverkarens dieselbilar där företaget manipulerat dem så de ska klara tuffa miljötester i laboratoriemiljö, trots att de är mycket smutsigare när de senare körs av konsumenterna.
– Som VD accepterar jag ansvaret för de oegentligheter som påträffats i dieselmotorerna och därför har jag begärt av styrelsen att få avsluta mitt uppdrag som VD för Volkswagengruppen, säger han i ett uttalande.
Winterkorn säger även att han är chockad över det som avslöjats under de senaste dagarna och att han inte trodde det var möjligt att sådant fusk kunde förekomma.
VW:s bolagsstyrelse skriver i ett pressmeddelande att man respekterar Winterkorns avgång och att han under sina år som VD lämnat ett ovärderligt avtryck i organisationen.
Under Winterkorns ledarskap har man bland annat köpt upp sportbilstillverkaren Porsche och sett en kraftig tillväxt i antal tillverkade bilar – nästan en fördubbling från 2006 till idag. Idag är Volkswagen Europas största och världens, efter Toyota, näst största biltillverkare.
Enligt tyska medieuppgifter tar nu Porsches VD Matthias Müller över rollen som VD för biljätten.