– Vi uppmanar den amerikanska sidan att vidta noggranna åtgärder för att förhindra att den här typen av händelser upprepas, säger Abe enligt BBC News.
Den 20-åriga kvinnan försvann den 28 april och den sista personen som pratade med henne, kvinnans pojkvän, berättade att hon då var på väg att ta en promenad.
Igår hittades hennes döda kropp i en skogsdunge i ett bergsområde i Okinawa.
Den 32-årige amerikanen Kenneth Shinzato, som är civilanställd vid den amerikanska militärbasen, har nu erkänt att han ströp kvinnan till döds.
Militärbasen, som huserar ungefär hälften av de cirka 50.000 amerikanska soldater som är stationerade i Japan, har länge varit kontroversiell bland lokalbefolkningen. Något som särskilt upprör japanerna är de sexbrott som deras kvinnor med jämna mellanrum utsätts för av amerikanerna.
Så sent som i mars greps en amerikansk soldat för att ha våldtagit en japansk kvinna på ett hotell i Naha i södra Okinawa. Händelsen utlöste ilska och demonstrationer med krav på att lägga ned den främmande basen.
Den mest uppmärksammade incidenten ägde rum 1995, då tre amerikanska soldater brutalt gruppvåldtog en 12-årig flicka. Det florerar också uppgifter om att sexualbrott tystats ned och gärningsmännen undgått straff på grund av särskilda juridiska avtal mellan USA och Japan.