Enligt Israel började striderna efter att en iransk drönare korsat israeliskt luftrum.
Den israeliska militären svarade då genom att anfalla en syrisk militärbas varifrån drönaren enligt dem ska ha skickats upp.
"Massiv syrisk luftvärnseld, en F-16 kraschade i Israel, piloterna är i säkerhet", skriver IDF-talesmannen Jonathan Conricus på Twitter.
Flera människor ska ha träffats av det israeliska anfallet, och en av piloterna i det nedskjutna planet skadades allvarligt.
Den "nya israeliska aggressionshandlingen", som syriska medier kallar händelsen, ägde rum nära den syriska huvudstaden Damaskus.
Striderna ska därefter ha fortsatt.
"IDF anfaller talrika (12) syriska och iranska militära mål i Syrien, som svar på den iranska aggression", skriver Conricus vid 09-tiden på lördagen och påpekar att man fått bra träffar på en iransk kontrollanläggning för drönare.
Under det så kallade inbördeskriget i Syrien har Israel genomfört över hundra attacker på syriskt territorium, med argumentet att man har rätt att försvara sig för att förhindra Hizbollah från att erhålla avancerade vapen från den syriska regeringen.
IDF has targeted the Iranian control systems in Syria that sent the #UAV into Israeli airspace. Massive Syrian Anti-Air fire, one F16 crashed in Israel, pilots safe. #Iran is responsible for this severe violation of Israeli sovereignty. Event ongoing, more to follow.
— Jonathan Conricus (@LTCJonathan) 10 februari 2018
The IDF is striking numerous (12) Syrian and Iranian military targets in Syria, in response to Iranian aggression. More to follow
— Jonathan Conricus (@LTCJonathan) 10 februari 2018