Bakom kuppen under lördagen stod organisationerna Rojavakomittéerna och "Queers against fascism".
Turkiets justitieminister, Yilmaz Tunc, fördömer händelsen i starka ordalag.
"Jag fördömer å det starkaste provokationen av anhängare till terrororganisationen PKK, som i dag ägde rum i Stockholm, riktad mot vår president", skrev han på Twitter under lördagskvällen.
Turkiets utrikesdepartement fördömer också PKK-gaykuppen i ett pressmeddelande.
Stockholm Prides vice ordförande Michal Budryk uppger för Sveriges Radio att arrangörerna försökte förmå Rojavakommittérna och Queers against fascism att avlägsna sig.
En anonym medlem i Rojavakommittéerna, "Erik", hävdar dock att han och de andra inte ombads lämna paraden.
"Erik" är samtidigt besviken på att Pride nu tar avstånd från kuppen:
– Jag tycker det är en historielös, ryggradslös hållning. Parollen för Pride har ju varit 'we march for those who can't' – ja, i Turkiet kan man inte längre marschera för sina rättigheter, säger han till SR.
