Beskedet kommer kort efter de amerikanska och israeliska flyganfallen mot Irans viktigaste kärntekniska anläggningar.
Vad avbrottet innebär i praktiken är ännu oklart, men det förväntas kraftigt försvåra IAEA:s möjligheter att övervaka Irans kärnprogram.
Ordern kommer efter ett godkänt lagförslag från parlamentet som säger att regeringen är skyldig att omedelbart upphäva allt samarbete med IAEA enligt icke-spridningsavtalet (NPT) och det tillhörande kontrollavtalet tills vissa villkor uppfyllts – bland annat säkerhetsgarantier för Irans kärnanläggningar och vetenskapsmän.
Trots beslutet antyder utrikesminister Abbas Araghchi i en intervju med CBS News att iranierna fortfarande är öppna för samtal med USA, även om han inte tror att förhandlingar återupptas inom kort.
Beskedet har fördömts av Israels utrikesminister Gideon Saar, som på sociala medier kallat Irans beslut för en "skandalös" vägran att leva upp till sina internationella åtaganden. Saar uppmanar nu europeiska länder att återinföra FN-sanktioner genom det så kallade snapback-mekanismen i det kärntekniska avtalet från 2015.
Än så länge har Iran inte gått så långt som att helt lämna icke-spridningsavtalet och ta klivet mot att bygga en atombomb. Men Teheran har redan tidigare berikat uran upp till 60 procent och har tillräckligt med material för flera kärnvapen – om man skulle välja den vägen.
Flyganfallen från Israel inleddes den 13 juni och ska enligt uppgift ha slagit ut stora delar av Revolutionsgardets ledarskap samt riktats mot ballistiska robotar och kärnanläggningar. Iran hävdar att 935 personer dödades i attackerna, däribland 38 barn. Oberoende människorättsorganisationer i exil uppger dock att över 1.100 personer dödats, inklusive flera hundra civila.
Satellitbilder från Planet Labs och Maxar visar att iranska myndigheter just nu inspekterar skadorna vid anläggningen i Fordow, byggd djupt inne i ett berg sydväst om Teheran, där amerikanska så kallade bunker busters ska ha slagit ner den 22 juni.
IAEA har ännu inte fått någon formell notifikation från Teheran om beslutets omfattning. En diplomat med insyn säger dock till AP att inspektörer ännu inte har beordrats att lämna landet.
