Utspelet kommer efter att Jimmie Åkesson föreslagit att man ska riva moskéer "där det sprids antidemokratisk, antisvensk, homofobisk, antisemitisk propaganda".
Till TV4 Nyheterna säger Magdalena Andersson att "Sverigedemokraterna försöker sabotera den svenska Natoansökan".
– Hur ska han (Kristersson) hindra fortsatta sabotage? Frågan är om Sverigedemokraterna överhuvudtaget vill att vi ska bli medlemmar i Nato, fortsätter hon.
S-ledaren krävde på söndagen att SD:s tjänstemän ska sparkas från regeringskansliet.
Statsminister Ulf Kristersson kommenterade idag Åkessons utspel och kallade det "respektlöst".