"Dessa förslag kränker mänskliga rättigheter, inskränker rätten till privatliv och ökar risken ett angiverisamhälle där otillåten etnisk rasprofilering tillämpas", skriver organisationen i ett pressutskick.
Trots kritiken väljer regeringen emellertid att gå vidare med förslagen.
Enligt Civil Rights Defenders kommer vissa av förslagen inte vara möjliga att genomföra på grund av rättighetsskyddet enligt "internationella åtaganden" eller enligt svensk grundlag.
Organisationen vill inte se någon ökning av inre utlänningskontroller då det "finns stora risker för otillåten etnisk rasprofilering, annan diskriminering, inskränkning av den personliga integriteten, övervåld av ordningsmakt gentemot personer som rasifieras i samhället och en mer våldsam behandling av papperslösa".
Illegala invandrare som väntar ut preskriptionstiden för sina avslagsbeslut och sedan söker asyl på nytt bör kunna fortsätta göra det, enligt organisationen.
"Omständigheter kopplade till asylskäl är föränderliga och ett skyddsbehov kan uppstå efter ett avslag. Därmed måste det finnas ventiler för att kunna söka asyl på nytt efter rimlig tid efter ett avslag", anser vänsterorganisationen.