Krokodilen hittades i samband med att polisen gjorde husrannsakan hos ägaren hösten 2013 på grund av misstanke om häleri.
Enligt tingsrätten hade krokodilen mycket begränsade land- och vattenutrymmen, långt under vad en cirka två meter lång krokodil behöver.
– Krokodilen har till exempel inte haft möjlighet att simma. Dess naturliga beteende har hindrats och begränsats på ett sådant sätt att den måste anses ha lidit, säger rådmannen Martin Sunnqvist i ett uttalande.
Enligt domen har mannen också köpt och mottagit stöldgods i en sådan omfattning att han ska dömas för grovt häleri. Djurplågeriets och det grova häleriets sammanlagda straffvärde är enligt tingsrätten fängelse åtta månader, men påföljden för brotten blir skyddstillsyn.
Nilkrokodilen Kajsa, som hon har döpts till, bor sedan 2013 på ett zoo utanför Oxford i England.
– Hon mår jättebra här hos oss, säger zooägaren Shaun Foggett till TT.