Våldtäkten ska ha ägt rum i en bostad i Heby kommun mellan den 30 juni och 1 juni. Kvinnan är häktad på sannolika skäl, vilket är den högre misstankegraden.
Christer Nordström, presstalesperson vid Uppsalapolisen, säger att det är mycket ovanligt att en kvinna häktas för våldtäkt.
– Jag känner inte till att det har skett de senaste tio åren, säger han till SVT Nyheter Uppsala.
Gärningspersonen och brottsoffret ska ha känt varandra sedan tidigare.