Attacken genomfördes i en förort till Damaskus, enligt den statliga iranska nyhetsbyrån Irna.
Irans president lovar att Israel "ska få betala" för attacken, rapporterar AFP.
Razi Moussavi var en vän till den iranske generalen och nationalhjälten Qassem Soleimani som mördades av USA i en drönarattack i Bagdad för snart fyra år sen.
Enligt Irna var Meoussavi "en av de mest erfarna rådgivarna" bland det islamistiska revolutionsgardets styrkor i Syrien. Han var enligt al-Jazeera ansvarig för att samordna militäralliansen mellan Syrien och Iran.
Iran har hittills inte direkt blandat sig i det pågående kriget i Israel. Indirekt stöder man Hizbollah i Libanon, som ägnat sig åt begränsade – enligt vissa bedömare mest symboliska – beskjutningar av israeliska positioner vid gränsområdet.
