Planet lyfte från Alexandria på måndagsmorgonen på väg till Kairo. Den egyptiske mannen, som uppges vara universitetslärare, lyckades tvinga piloten att landa i Larnaca på Cypern.
Hans krav är bland annat att han ska få asyl och att ett brev ska överlämnas till hans ex-fru, enligt cypriotiska medier. Annars hotar han att spränga planet i luften.
Daily Mail rapporterar att ex-frun är på plats på flygplatsen och deltar i förhandlingarna.
Enligt Reuters har de flesta av de 60 passagerarna tillåtits att lämna planet. Planets sju besättningsmän och fem "utlänningar" ska fortfarande vara ombord, enligt cypriotiska CYBC.
Den egyptiska regeringen är noga med att understryka att det inte rör sig om ett terrordåd.
– Han är ingen terrorist, han är en idiot, lyder budskapet från Egyptens utrikesdepartement, enligt Daily Mail.
Flygplatsen i Larnaca har stängts i samband med dramat och alla plan har omdirigerats.
The moment #EgyptAir hijacker 'hands over letter for his ex-wife' https://t.co/5bd7dLhqND pic.twitter.com/IZCgiZ6I6O
— Daily Mail Online (@MailOnline) March 29, 2016
