Belgiska åklagare har sedan tidigare utrett om Ursula von der Leyen haft en intressekonflikt och agerat korrupt vid vaccinförhandlingarna.
Band annat anklagas EU-höjdaren för att ha raderat sms som skickats mellan henne och Pfizers vd Albert Bourla under förhandlingarna 2021, som utmynnade i ett vaccinavtal till ett värde av cirka 225 miljarder kronor.
Nu har den europeiska åklagarmyndigheten (EPPO) tagit över utredningen mot von der Leyen, skriver Politico.
Skandalen, som kallas "Pfizergate", blev en rättssak efter att EU-kommissionen vägrat att lämna ut sms som ska ha skickats mellan Ursula von der Leyen och Albert Bourla.
New York Times, som först avslöjade skandalen, stämmer i en separat process kommissionen för att textmeddelandena inte lämnats ut.
EU-kommissionen har vägrat att ens uttala sig om huruvida meddelandena över huvud taget existerar.