Flygningen tog omkring en timme. Uppgifter från Flightradar visar att planet lämnade Linköping omkring klockan 10.30 och landade på militärflygplatsen Ämari.
Det är inte känt hur många fångar som fanns ombord. Kriminalvårdens beslut den 5 augusti omfattade 18 personer och på måndagen fattades ytterligare beslut.
Avtalet mellan Sverige och Estland sätter gränsen vid 600 överförda intagna. De ska avtjäna sina straff i ett fängelse i Tartu.
