– Det som händer i Maghazi-lägret är en massaker, säger hälsodepartementets talesperson Ashraf al-Qudra, som uppger att dödssiffran kan komma att stiga.
En man säger till BBC att han hade förlorat sin dotter och barnbarn i attacken.
– De bodde på tredje våningen i en av byggnaderna. Väggen rasade över dem. Mina barnbarn, min dotter, hennes man – alla borta, säger han.
Mannen uppger vidare att det inte finns någon säker plats för civila i Gaza.
– De sade åt oss att lämna Gaza stad – nu kom vi till centrala Gaza för att dö.
Enligt hälsodepartementet har över 20.000 personer i Gaza dödats sedan kriget inleddes i oktober. De flesta döda är barn och kvinnor.
Tidigare på söndagen sade premiärminister Benjamin Netanyahu att Israel har fått betala ett "mycket högt pris" för sitt krig i Gaza. Totalt har 156 soldater från Israels krigsmakt IDF som deltagit i markoffensiven dött, varav många dödats av misstag av andra skjutglada israeliska soldater.