Dokumentet har även skrivits under av chefen för Krims stadsråd Vladimir Konstantinov, ordföranden för Krims ministerråd Sergej Aksionov samt Sevastopols borgmästare Aleksej Tjalyj.
Enligt avtalet ska Ryssland garantera invånarna på Krim och i Sevastopol rätten att behålla sina modermål, rapporterar RT. Enligt artikel 3 kommer ryska Krim att ha tre officiella språk: ukrainska, ryska och krimtatariska.
Under ett anförande inför Rysslands parlament inför undertecknandet beskyllde Putin västmakterna för att ha gått över gränsen och agerat "grovt, ansvarslöst och oproffsigt" i samband med Ukrainakrisen. Han anklagade också USA, som infört sanktioner mot Ryssland i samband med folkomröstningen, för hyckleri och jämförde Krim med Kosovo som utropade sig självständigt från Serbien 2008 med aktivt stöd från USA och EU.
Folkomröstningen i Krim genomfördes enligt Putin i "fullständig överensstämmelse med internationella lagnormer och demokratiska procedurer".
Han försäkrade dock att Ryssland inte efterstävade en delning av Ukraina och inte hade planer på att skicka sina trupper djupare in i landet via Krim, enligt Wall Street Journal. Putin riktade sig direkt till ukrainarna:
Tro inte på dem som använder sig av Ryssland för att skrämma er, som säger att andra regioner kommer att följa Krims exempel. Vi vill inte ha en delning av Ukraina.
Den ryske presidenten passade samtidigt på att leverera hård kritik mot den nya regimen i Ukraina. Putin sade att statskuppen i februari genomfördes av "nynazister, rysshatare och antisemiter" och beklagade att det inte fanns några legitima ukrainska politiker att föra dialog med.
Många ministrar tar enbart emot besökare med tillstånd från Majdans gerillor, och detta är inget skämt utan den bistra verkligheten, sade Putin.