Inga gripanden har rapporterats och de närmare omständigheterna kring händelserna är fortfarande oklara, skriver Euronews.
Medicinska källor uppger att även en pojke tros ha utsatts.
Sjukhuset har sammanlagt behandlat över tolv fall med tecken på sexuella övergrepp. Det verkliga antalet kan vara betydligt större eftersom vissa offer inte gör någon anmälan.
Akutläkaren Susana Ascaso säger att flickor under 14 år lever på gatan eftersom det saknas lediga platser på mottagningscenter för minderåriga.
– Vi ser våldtagna flickor, säger hon.
– Det är inte så att de inte vill ta emot dem. Det finns helt enkelt ingen plats för dem, förklarar Ascaso.
Sjukhusets akutavdelning behandlar nu i genomsnitt mellan 300 och 400 migranter om dagen, med samma personalstyrka och resurser som före tillströmningen. Ascaso beskriver läget som en hälsokatastrof och har offentligt efterlyst mer personal.
Omkring 300 personer trängs samtidigt i det provisoriska lägret Sidi Embarek. Enligt Abdellah Mustafa, ordförande för den lokala grannskapsföreningen, har flickor kommit dit i chock efter sexuella övergrepp i kullarna. Invånarna har tagit in en psykolog och en jurist för att stödja dem, eftersom många inte gör någon anmälan.
Save the Children varnar för att brister i identifiering, boende och stöd gör migrantflickor särskilt sårbara för människohandel och sexuell exploatering.
