Samtliga av EU:s 28 medlemsstater har undertecknat konventionen som börjar gälla 2014. Enligt konventionstexten förbinder sig länderna att inte delta i finansiering, samarbete, tilldelning av stipendier, forskningsfonder eller utdelning av priser om motparten är en fysisk eller juridisk person på Västbanken eller i östra Jerusalem.
Båda områdena betraktas av EU som ockuperad mark, skriver Haaretz. Förbudet gäller bara personer i de judiska bosättningarna och EU-ländernas samarbete med palestinska verksamheter på Västbanken och i östra Jerusalem påverkas således inte av fördragstexten.
EU-länderna kommer nu att kräva att Israel skriver under ett handelsavtal där det framgår att avtalet bara gäller innanför de gränser som fanns innan sexdagarskriget 1967, eftersom Israel ockuperar resten av området.
Vi måste bestämma oss för vad vi ska göra hädanefter. Vi är inte redo att skriva under denna klausul, men resultatet kan i så fall bli ett stopp i allt samarbete som rör ekonomi, vetenskap, kultur, idrott och utbildning. Detta kan leda till att Israel skadas allvarligt, säger en israelisk regeringstjänsteman till Haaretz.
Under tisdagen "fördömde" Israel officiellt det nya EU-direktivet, uppger BBC på nätet.