Det var under ett möte med italienska biskopar som påven ska ha yttrat att det "redan är för mycket bögerier" i prästseminarierna.
Han använde sig av det italienska ordet "frociaggine", som anses vara nedsättande mot homosexuella.
Uttalandet gjordes enligt italiensk media i "vardaglig ton" för att inskärpa den katolska kyrkans förbud mot homosexuella seminarister.
Efter anklagelser om "homofobi" har Vatikanen nu gått ut med en ursäkt.
”Påven har aldrig haft för avsikt att förolämpa eller uttrycka sig homofobiskt, och han ber om ursäkt till dem som känt sig kränkta”, säger Vatikanens talesperson Matteo Bruni i ett uttalande.
