Domen meddelades av i ett videouttalande som spreds av justitiedepartementet på torsdagen.
– Den åtalade dömdes till livstids fängelse med straffarbete, kombinerat med kastrering, sade en talesman för åklagarsidan.
Brottet begicks 2024 i Imerintsiatosika, en ort cirka tre mil väster om huvudstaden Antananarivo.
Lagen som möjliggör kirurgisk kastrering antogs i fjol och gäller för sexualbrott mot barn tio år och yngre. Regeringen motiverade införandet med att rättsväsendet registrerat många sådana fall.
– Dagens beslut är ett tydligt och kraftfullt besked från rättssystemet. Det ska också fungera som en varning till den som har liknande avsikter, sade Razafindralambo.
Kirurgisk kastrering av pedofiler har tidigare använts lagligt i länder som Tjeckien och Tyskland, men då med den dömdes samtycke. I USA blev Louisiana i fjol den första delstaten att införa obligatorisk kirurgisk kastrering, det vill säga icke-frivillig sådan, för vissa sexualbrott mot barn.
Kemisk kastrering – där hormonhämmande läkemedel ges löpande – är mer vanligt och används bland annat i Polen, Sydkorea och flera amerikanska delstater. I Storbritannien övervägs nu ett liknande system.
Beviskraven för att dömas för sexualbrott är dock högre i dessa länder än i Sverige, där flera har blivit felaktigt dömda.
Människorättsorganisationer har riktat skarp kritik mot både kirurgisk och kemisk kastrering. De menar att metoderna är oetiska, skriver Daily Mail.