Enligt ryska antiterrormyndigheter rör misstankarna mot Prigozjin anstiftan till ett väpnat uppror. Myndigheterna uppmanade samtidigt Prigozjin att "upphöra med alla illegala handlingar".
Wagner är en paramilitär milisgrupp som strider sida vid sida med den reguljära ryska armén i Ukraina. Nyligen anklagade dess ledare, oligarken Jevgenij Prigozjin, ryska styrkor för att medvetet ha bombat Wagnersoldater i de bakre leden.
Vladimir Putins pressekreterare Dmitrij Peskov säger att Putin informerats om situationen kring Prigozjin och att "alla nödvändiga åtgärder vidtas".
Tidigare dementerade försvarsministeriet information som spridits på sociala medier om den påstådda bombningen från den ryska försvarsmakten mot "PMC Wagners bakre ställningar".
Wagnerchefens anklagelser mot Kreml har pågått länge och västerländska bedömare har undrat varför president Putin låter Jevgenij Prigozjin hållas. Något som nu dock ser ut att få ett slut.