Tjänstemannen stängdes av efter att vänsterextrema Expo i mitten av oktober rapporterade om att han deltagit i ett möte med organisationen Det fria Sverige.
Han anklagades också för att ha varit engagerad i ett projekt för att skapa "svenska zoner" i Sverige.
SD:s presstjänst uppger nu för Sveriges Radio att tjänstemannen har avsagt sig sitt medlemskap på uppmaning från partiet.
Partiets medlemsutskott har också beslutat om "utestängning", vilket innebär att mannen inte kan bli medlem igen utan godkännande från partistyrelsen ger sitt godkännande.
Tjänstemannen har tidigare varit aktiv i Miljöpartiet.
