Beslutet kommer efter att Säkerhetspolisen i augusti förra året höjde terrorhotnivån från tre till fyra på en femgradig skala.
Kontoret i Sundbyberg har redan fått status som skyddsobjekt, och under hösten kommer samma skydd att införas vid kontoren i Göteborg och Malmö.
Enligt Johan Tell, säkerhetschef på Skatteverket, finns det för närvarande inget specifikt hot.
– Vi ser idag inget hot mot myndigheten. Men vi är en stor myndighet i Sverige och det är viktigt att vi fungerar, säger han till Sveriges Radio.
