Polisen i Region Mitt informerade att det första larmet kom strax efter klockan 17:42 på midsommarafton. Flera polispatruller kallades till platsen och området runt Gottsunda allé och Bandstolsvägen spärrades av.
Den skadade pojken är under 18 år och enligt TT är han inte känd av polisen sedan tidigare.
Det är ännu oklart om han var det avsedda målet eller bara en förbipasserande.
Det finns flera vittnen till händelsen, men det är fortfarande oklart om det användes ett automatvapen, enligt polisen. Utredarna har dock konstaterat att ett stort antal skott avlossades.
Den skjutne pojken befann sig inte på den linjebuss som också träffades av skott, enligt polisen.
En frilansfotograf från Utryckning Uppsala befann sig några kilometer från platsen och ryckte ut när han hörde flera skottlossningar som lät som automateld.
Händelsen utreds som ett mordförsök.
