Beslutet antogs i januari med kvalificerad majoritet trots invändningar från både Slovakien och Ungern, som båda anser sig ha veto i den här typen av frågor.
– Vi invänder mot att kvalificerad majoritet har använts där det inte varit möjligt, och att rätten för ett suveränt EU-land att lägga in veto har kringgåtts, säger premiärminister Robert Fico vid en presskonferens enligt nyhetsbyrån TASR.
– Den slovakiska regeringen anser att detta är ett tydligt brott mot de principer som EU-fördragen bygger på, tillägger han.
Justitieminister Boris Susko uppger att ansökan lämnas in nästa vecka. Regeringen kommer också att begära att förordningen stoppas tillfälligt under rättsprocessen.
Ungern har redan lämnat in en liknande talan. Avgående premiärminister Viktor Orbán har tidigare kritiserat EU:s sanktioner mot Ryssland.
Tvisten väntas få betydelse för hur EU fattar beslut i framtiden, särskilt i frågor där enskilda medlemsländer motsätter sig majoritetslinjen.





