Åtgärden innebär en utvidgning av tidigare restriktioner som bara gällde vissa baser.
Utrikesminister José Manuel Albares bekräftade beslutet i en radiointervju på måndagen, rapporterar Euronews.
– Spanien ska inte göra något som kan trappa upp konflikten, sade han.
Han uppgav också att linjen speglar majoritetsopinionen i landet och ligger i linje med FN:s principer.
Förbudet gäller nu hela landet, även om undantag kan göras vid nödsituationer.
Tidigare hade Spanien begränsat USA:s tillgång till marinbasen i Rota och flygbasen i Morón. Nu stoppas alltså även flygningar genom spanskt luftrum om de är kopplade till kriget.
Ekonomiminister Carlos Cuerpo riktar också hård kritik mot USA:s agerande och beskriver Irankriget som "ett ensidigt krig som bryter mot internationell rätt".
Beslutet kommer efter ökade spänningar mellan Madrid och Washington. USA:s president Donald Trump har tidigare hotat att stoppa handeln med Spanien efter att landet sagt nej till att använda dess baser.
– Vi kan använda deras bas om vi vill, vi kan bara flyga in och använda den, ingen kommer att säga till oss att vi inte får använda den, sade Trump vid ett möte i Vita huset tidigare i mars.
USA har länge haft militär närvaro i Spanien, bland annat vid basen i Rota som fungerar som en viktig logistisk knutpunkt för operationer i Europa och Medelhavet. De nya restriktionerna riskerar nu att försvåra transporter till Mellanöstern.





