Felet upptäcktes på torsdagen och gäller registreringen av mottagna förtidsröster, meddelar Valmyndigheten.
De drabbade väljarna har antingen prickats av två gånger eller fått mottagandet av sin förtidsröst registrerat på en annan väljare. Problemet uppges ha förekommit i röstningslokaler i nästan alla landets kommuner.
Hittills har omkring 1,4 miljoner väljare förtidsröstat.
En teknisk lösning sattes enligt Valmyndighetens in under natten och röstningen kunde starta som planerat på fredagsmorgonen.
Myndigheten uppger att samma fel inte ska kunna uppstå igen.
– Händelsen är allvarlig och vi arbetar nu tillsammans med vår it-leverantör Skatteverket för att minimera konsekvenserna för valresultatet, säger Valmyndighetens kanslichef Anna Nyqvist.
Myndigheten försöker nu identifiera så många som möjligt av de berörda. Bedömningen är att åtminstone "en del" av dem "troligen" kommer att kunna hittas. Rösterna från övriga kommer att underkännas.
– Analysarbetet görs med stor noggrannhet och behöver få ta lite tid, säger Anna Nyqvist.
Valmyndigheten uppger att felet uppstått i det egna it-systemet och att det inte finns några tecken på extern påverkan.





