Mannen har i sin ansökan förklarat att hans manifestation är ett "svar på nedbränningen av den Heliga Koranen framför Stockholm moské" i slutet av juni.
Polismyndigheten har beslutat att godkänna den allmänna sammankomsten, som kommer att äga rum mellan klockan 13 och 14 på lördag utanför Israels ambassad i Stockholm.
Polisen har förstärkt sina resurser inför händelsen, skriver DN.
Den judiska världskongressen har fördömt lördagens aktion på förhand.
– Denna provocerande och hatiska handling har ingen plats i det civila samhället, och vi ansluter oss till svenska Judiska centralrådet och fördömer den, säger ordförande Ronald S Lauder i ett pressmeddelande.
Även Israels president Isaac Herzog och utrikesminister Eli Cohen fördömer planerna, skriver DN.
Judiska centralrådet i Sverige skriver i ett uttalande:
"Med bestörtning och sorg mottog vi beskedet om polisens godkännande av bränningen av Toran i Stockholm på lördag den 15 juli. Som bokens folk är Toran vår heligaste skatt med moraliska koder och etik som har förändrat världen vi lever i. Vår tragiska europeiska historia kopplar bränning av judiska böcker med pogromer, utvisning, inkvisitioner och Förintelsen."