Utspelen gjordes under en konferens med EU-ambassadörer på måndagen.
Under konferensen avfärdade Ursula von der Leyen diskussionen om huruvida anfallskriget var ett val eller en nödvändighet.
– Jag anser att den debatten missar poängen, sade hon.
Von der Leyen underströk också att Irans ledarskap inte förtjänar någon sympati.
– Jag vill vara tydlig: det ska inte fällas några tårar för den iranska regimen. Denna regim har orsakat död och utövar förtryck mot sitt eget folk, sade Ursula von der Leyen.
Hon beskrev samtidigt kriget som något som kan öppna "en väg mot ett fritt Iran".
EU har fått kritik för att unionen dröjde nära två dygn innan något gemensamt uttalande kom efter de första attackerna mot Iran. Kritiken växte ytterligare när von der Leyen på sociala medier meddelade att hon skulle kalla till ett krismöte först två dagar senare.
Kommissionsordföranden har också kritiserats för att ha beskrivit Irans försvarsattacker mot Israel och amerikanska baser som "oberättigade", samtidigt som hon varit noga med att inte fördöma de ursprungliga olagliga angreppen.
Enligt uppgifter i Politico har flera diplomater, EU-tjänstemän och parlamentariker reagerat på vad de uppfattar som att von der Leyen försöker positionera sig som EU:s främsta röst i utrikespolitiken. Formellt är det dock unionens omstridda utrikeschef Kaja Kallas som ansvarar för den rollen.
I sitt tal använde von der Leyen även kriget för att problematisera idén om den "regelbaserade världsordningen" – ett begrepp som europeiska politiker har använt för att beskriva den världsordning som egentligen byggde på total USA-dominans och som vi enligt allt fler bedömare är på väg att lämna bakom oss.
– Den långsiktiga effekten väcker redan existentiella frågor om framtiden för vårt internationella regelbaserade system, sade Ursula von der Leyen.
– Europa kan inte längre vara en väktare av den gamla världsordningen.
EU-toppen sade också att Europa i framtiden måste kunna agera mer kraftfullt internationellt och "projicera vår makt mer bestämt".
– Enkelt uttryckt innebär det större investeringar i militären, sade Ursula von der Leyen.
