Nationell samling meddelade tidigare i veckan att man bryter med AFD efter att en av det tyska partiets ledamöter påpekat att inte alla medlemmar i Waffen-SS nödvändigtvis var krigsförbrytare.
Nu har AFD uteslutits ur den gemensamma gruppen Identitet och demokrati i EU-parlamentet.
– AFD går från provokation till provokation, sade Marine Le Pen i fransk tv efter omröstningen.
Det tyska partiet, tillade hon, är "tydligt kontrollerat av radikala grupper".
Österrikiska FPÖ var ett av två partier som röstade för att AFD skulle få stanna kvar i gruppen.
AFD tar utåt sett lätt på beslutet.
– Vi är övertygade om att vi kommer kunna fortsätta samarbeta med våra partners i en gemensam parlamentarisk grupp efter valet, säger en talesperson för partiledaren Alice Weidel enligt Politico.
