Både Greklands premiärminister Alexis Tsipras och hans turkiske motsvarighet Ahmet Davutoglu var på plats på arenan Basaksehir Fatih Terim i Istanbul inför avsparken på tisdagen.
Arrangörerna uppmanade då publiken, cirka 11.000 personer, att hålla en tyst minut för de 129 personer som dödades i förra veckans muslimska terrordåd i Paris.
Men istället för att följa uppmaningen valde många av turkarna på plats att istället bua och föra oväsen. Supportrarna ropade också "Allahu akbar", som betyder "Gud är större" på arabiska, rapporterar Daily Mail.
Det turkiska landslagets tränare Fatih Terim tycker att det var fel av hans landsmän att förstöra den tysta minuten.
– Våra fans borde ha skött sig, säger han enligt Daily Mail.
