Fartyget Madleen bordades av israeliska kommandostyrkor natten till måndagen, efter att tidigare under förra veckan ha lämnat Sicilien med destination Gaza.
Israeliska flottan omringade båten och grep samtliga ombord, som nu har förts till hamnstaden Ashdod.
– De ska föras till polisstationen i Ramle där det finns en domstol för illegala migranter. Den beslutar om de ska utvisas omedelbart, säger säger Moatazem Zedan, talesperson för människorättsorganisationen Adalah som företräder aktivisterna juridiskt i Israel, till Expressen.
Enligt honom bör det hela inte ta mer än 24 timmar. Men han tillägger att om någon vägrar att lämna landet kan det bli en längre rättsprocess.
Adalah kallar insatsen olaglig och hävdar att båten befann sig i internationellt vatten.
Israels försvarsminister Israel Katz har beordrat militären att visa Thunberg och de andra aktivisterna en 43 minuter lång video som innehåller dokumenterade Hamas-massakrer mot civila israeler den 7 oktober 2023 – inspelade med kroppskameror av terroristerna själva.
– Det är passande att antisemiten Greta och hennes Hamas-stödjande vänner får se exakt vilka terrorgruppen Hamas, som de stödjer och för vars räkning de agerar, är, säger försvarsministern enligt Expressen.
Enligt det israeliska utrikesdepartementet var båten full av "kändisar" och den beskrivs som en ”selfie-båt”.
