De två toppolitikerna är två av sammanlagt tio tidigare separatistkrigare som åtalas för försvinnanden, förföljelser, tortyr och nära 100 mord under Kosovokriget 1998-1999.
Offren uppges vara kosovoalbaner, serber, romer och politiska motståndare.
President Hashim Thaci var under kriget en högt uppsatt ledare för rebellgruppen Kosovos befrielsearmé. Efter att Kosovo förklarat sig självständigt från Serbien år 2008 var han det så kallade landets första premiärminister.
Thaci, som har varit djupt involverad i grov organiserad brottslighet, har i en rapport från Europarådet pekats ut som ledare för en grupp som skördade och handlade med mänskliga organ från serbiska fångar.
Kosovo räknas som en potentiell kandidat till att bli medlem i EU i framtiden.
