Enligt IS nyhetsbyrå Amaq hette afghanen, som påstod sig vara 17 år, Muhammad Riyad.
I klippet, som ser ut att vara en självmordsfilm, håller flyktingbarnet upp en kniv och presenterar sig på pashto som "en soldat för kalifatet".
– Jag kommer att genomföra en självmordsattack i Tyskland, förklarar han enligt Daily Mirror.
Flyktingbarnet fortsätter sedan med att utlova en skoningslös hämnd åt alla "otrogna" i västvärlden.
– [Islamiska staten] kommer att slakta dig i din egen bakgård och de kommer att bo i ditt hus och bryta mot dina regler och ta över ditt land. Vi kommer att angripa dig i varje by, varje stad och på varje flygplats, om Allah vill.
Totalt 18 personer skadades när flyktingbarnet under måndagskvällen angrep passagerare med yxa och kniv mot på ett regionaltåg på väg mot Würzburg. Han sköts själv till döds i samband med attacken.
Enligt tidiga vittnesuppgifter hade afghanen ropat "Allahu akbar" när han gick till attack. Senare hittades också en handmålad IS-flagga i mannens bostad, rapporterar Junge Freiheit.
Polisen i Tyskland har ännu inte bekräftat den döde gärningsmannens identitet.
