Trump anklagade Ramaphosa för att se mellan fingrarna när vita jordbrukare i Sydafrika förföljs och mördas.
Han visade upp ett videoklipp som bland annat visade mängder av vita kors längs en väg, gravar för mördade vita bönder.
– När de tar marken dödar de den vite bonden – och ingenting händer dem, sade Trump.
Ramaphosa, som försökte vinna Trumps gunst med hjälp av presenter och kändisgolfare, försvarade sig och sade att de uttalanden som hörts i videon, bland annat där oppositionsledaren Julius Malema sjunger folkmordssången "Skjut boern", inte speglar regeringens politik.
Men Trump gav sig inte. Han pekade på landets nya lag om markexpropriering utan kompensation, undertecknad av Ramaphosa i januari. Lagen tillåter staten att beslagta privatägd mark om det bedöms ligga i "allmänhetens intresse".
– Om det verkligen pågick ett folkmord, skulle dessa tre herrar inte vara här, sade Ramaphosa och pekade på sina vita delegater – bland dem miljardären Johann Rupert.
Trump avbröt:
– Men ni tillåter dem att ta marken. Och när de tar marken dödar de bonden.
"Död, död, fruktansvärd död"
Trump visade även upp utskrivna nyhetsartiklar om attacker mot vita och sade att han ville ha en förklaring från Ramaphosa om vad han kallade ett pågående folkmord.
– Död, död, fruktansvärd död, sa Trump medan han bläddrade igenom artiklarna.
Ramaphosa hänvisade till Sydafrikas mångpartidemokrati och arvet från Nelson Mandela. Hans jordbruksminister John Steenhuisen – själv vit – försäkrade att de flesta bönder inte vill lämna landet.
Men enligt tidigare USA-ambassadören Patrick Gaspard var mötet en "fälla" – syftet ska ha varit att "förödmjuka" Sydafrika, rapporterar BBC News.
Trumps agerande kommer bara veckor efter att USA beviljat asyl till nästan 60 vita sydafrikaner, något Ramaphosa tidigare kallat "fegt".
Sydafrikas ambassadör i Washington har sedan dess utvisats, efter att ha anklagat Trump för att vara rasist.
Organisationen Afriforum, som företräder afrikander i Sydafrika, säger att videoklippet som visades i Vita huset använde visst material som de använt tidigare.
– Videon visar att det finns verkliga problem som måste tas på allvar, säger organisationens vd Kallie Kriel till BBC.
